Σε βάρος του Ν. Ζαγοριανού έχει ασκηθεί ποινική δίωξη: 1) για κατάχρηση εξουσίας, καθώς δεν εξέδωσε ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης σε βάρος του στελέχους της Siemens Μιχ. Χριστοφοράκου για την υπόθεση του C4I και 2) για παράβαση καθήκοντος, καθώς δεν χορήγησε αντίγραφα της δικογραφίας από την υπόθεση της Siemens στους δικηγόρους των εμπλεκόμενων προσώπων.
Ήδη, ο πρόεδρος του Αρείου Πάγου, Γεώργιος Καλαμίδας, έχει ορίσει τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου και προϊστάμενο του Εφετείου Αθηνών, Φώτιο Μακρή, εισηγητή για το ερώτημα του υπουργού Δικαιοσύνης.
Πριν την άσκηση ποινικής δίωξης είχε προηγηθεί η άσκηση πειθαρχικής δίωξης σε βάρος του 4ου ειδικού ανακριτή από τον αντιπρόεδρο του Αρείου Πάγου, Ι. Παπανικολάου, για τα ίδια αδικήματα.
