Για τη στάση του στη Συμφωνία των Πρεσπών ο κ. Κόκκαλης με δήλωσή του σημείωσε τα εξής:
“Από την πρώτη στιγμή που άνοιξε ξανά το ζήτημα της ονομασίας των Σκοπίων και πολύ περισσότερο από την υπογραφή της συμφωνίας στις Πρέσπες, είχα καταστήσει σαφές με ξεκάθαρο και κατηγορηματικό τρόπο πως διαφωνώ και πως δεν θα ψηφίσω τη συγκεκριμένη συμφωνία εάν και εφόσον έλθει προς κύρωση από την ελληνική βουλή.
Η παραπάνω στάση μου ήταν, παραμένει και θα είναι εσαεί, σταθερή και αδιαπραγμάτευτη.
Σε περίπτωση δε, που τεθεί ζήτημα συνέχισης της κυβερνητικής θητείας μέχρι το πέρας του χρόνου που επιτάσσει το σύνταγμα, αυτό είναι κάτι που θα σταθμιστεί στον κατάλληλο χρόνο”.