Όπως και η γονόρροια, το βακτήριο των χλαμυδίων βρίσκεται στον τράχηλο και την ουρήθρα και μπορεί να βρεθεί επίσης στον λαιμό, ή το ορθό. Τόσο οι μολυσμένοι με χλαμύδια άνδρες, όσο και οι γυναίκες είναι πιθανό να μην εμφανίσουν συμπτώματα της λοίμωξης από χλαμύδια.
