Στη δεύτερη φάση θα εφαρμοστεί η τιμολόγηση ανάλογα με τα χιλιόμετρα που θα διανύει το κάθε αυτοκίνητο. Η εφαρμογή του μέτρου αυτού θα γίνει μέσα στα επόμενα τρία χρόνια, γιατί απαιτείται η χρήση του κατάλληλου ηλεκτρονικού συστήματος, πράγμα που σύμφωνα με τις συμβάσεις που υπάρχουν προβλέπεται να γίνει την ερχόμενη τριετία.
Πάντως, όπως αναφέρουν στο newsit.gr υψηλόβαθμα στελέχη του αρμόδιου υπουργείου κανένας από τους 5 μεγάλους οδικούς άξονες δεν απειλείται με διακοπή εργασιών. Τα έργα στους 4 από τους 5 προχωρούν κανονικά, ενώ στον αυτοκινητόδρομο του Μωρέα υπάρχει καθυστέρηση στις εργασίες, αν και πλησιάζει η ολοκλήρωση του έργου
Παρά το πρόβλημα ρευστότητας που υπάρχει στο σύνολο της ελληνικής οικονομίας το υπουργείο δίνει, λένε τα αρμόδια στελέχη, απόλυτη προτεραιότητα σε πληρωμές, η αθέτηση των οποίων θα μπορούσε να πυροδοτήσει ρήτρες στις συμβάσεις παραχώρησης.
Πάντως, αρχίζουν να ολοκληρώνονται οι καταβολές πόρων από τον κρατικό προϋπολογισμό, οπότε σταδιακά τα έργα θα πρέπει να χρηματοδοτούνται σχεδόν αποκλειστικά από κεφάλαια που θα διαθέτουν οι τράπεζες. Όσο πλησιάζει το ορόσημο αυτό, υπάρχει ανησυχία για την ομαλή συνέχιση της χρηματοδότησης, στο βαθμό που πλέον αυτή δεν θα εξαρτάται από το κράτος και δεδομένης της περιορισμένης ρευστότητας στο τραπεζικό σύστημα.
Στο υπουργείο παραδέχονται πως υπάρχουν καθυστερήσεις στην εκτέλεση των έργων, αλλά τις αποδίδουν σε προβλήματα με τις απαλλοτριώσεις, ή σε άλλα προβλήματα όπως για παράδειγμα η μη έγκαιρη παράδοση υλικού από μέλη της κοινοπραξίας, είτε λόγω προβλημάτων με άλλους φορείς (π.χ. διασταυρώσεις με σιδηροδρομικό δίκτυο).