Γεννημένος στις 12 Ιουνίου 1917 στην Αμισό του Πόντου, ο Πολυχρόνης Ενεπεκίδης σπούδασε φιλολογία και ιστορία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, για να μετεκπαιδευτεί στα Πανεπιστήμια Παρισιού και Βιέννης, όπου αναγορεύτηκε διδάκτορας, αναλαμβάνοντας αργότερα υφηγητής και το 1960 καθηγητής στην έδρα Βυζαντινών και Νεοελληνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Βιέννης, όπου από το 1974 έως το 1992 που συνταξιοδοτήθηκε, προΐστατο του Ινστιτούτου Βυζαντινών Σπουδών.
Ασχολήθηκε ιδιαίτερα με την ιστορική έρευνα σε αρχεία και βιβλιοθήκες της Αυστρίας, της Γαλλίας, της Γερμανίας, της Ελλάδας, της Ελβετίας, της Ιταλίας, της Βρετανίας και της Ουγγαρίας, ενώ υπήρξε δημοφιλής ομιλητής με τις δεκάδες των διαλέξεών του στην Ελλάδα και σε πόλεις της Ευρώπης, των ΗΠΑ και της Αυστραλίας.
Με τις επιστημονικές του έρευνες ευρωπαϊκών αρχείων και συλλογών χειρόγραφων, θεωρείται, ότι προσπάθησε να απομυθοποιήσει τη νεότερη Ελληνική ιστορία και να την απαλλάξει από διαστρεβλώσεις.
Συνεργάστηκε με γνωστά έντυπα στην Ελλάδα, κυρίως με τις εφημερίδες «Το Βήμα», «Καθημερινή», «Μακεδονία». Από το 1955 ήταν μέλος της Ενωσης Ανταποκριτών Ξένου Τύπου στη Βιέννη και έτυχε πολλών τιμητικών διακρίσεων.
Κυριότερα έργα του υπήρξαν «Η δόξα και ο Διχασμός. Από τα μυστικά αρχεία Βιέννης, Βερολίνου και Βέρνης, 1908-1918», «Η Βασιλική ανταρσία 1916-1918», «Οι διωγμοί των Ελλήνων του Πόντου (1908-1918), «Η Ελληνική Αντίστασις 1941-1944», «Οι διωγμοί των Εβραίων εν Ελλάδι 1941-1944, «Αθηναϊκά, αττικοβοιωτικά, δωδεκανησιακά 1815-1980», «Εθνική συνείδηση των Μακεδόνων και των Βορειοηπειρωτών της Αυστροουγγαρίας».
Επίσης, μεταξύ των πιο πρόσφατων έργων του συγκαταλέγονται: «Η Ελλάδα, τα νησιά και η Μικρά Ασία του Καρόλου Κρουμπάχερ», «Γενοκτονία στον Εύξεινο Πόντο. Διπλωματικά Έγγραφα από τη Βιέννη (1909-1918)», «Κύπρος 1800-1878», «Μικρασιατικά, κρητικά, ηπειρωτικά 1816-1931», «Γράμματα προς τη Βιέννη 1824-1843», «Εξέγερση στην Κύπρο το 1931».
