Στα επόμενα χρόνια δια αποκαλύψεως ο ίδιος ο Ιωάννης ζήτησε να μεταφερθεί το λείψανό του στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας. Όταν μετά από 7 χρόνια άνοιξαν τον τάφο του, μία γλυκιά ευωδία απλώθηκε τριγύρω. Έκπληκτοι διαπίστωσαν όλοι ότι και το σώμα του ήταν άφθαρτο, σαφές δείγμα αγιότητας. Δεν είχε κανένα απολύτως σημείο που να φανερώνει ότι ήταν νεκρός. Το χρώμα του σώματος ήταν όπως κάθε φυσιολογικού ανθρώπου, ακόμη κι αυτά τα ρούχα του είχαν διατηρηθεί επί 7 χρόνια άφθορα και έμοιαζαν σαν να τα είχαν ράψει εκείνη τη στιγμή. Έτσι αντιδοξάζει ο Θεός εκείνους που τον δοξάζουν στη γη.
Ο θρύλος του μαρμαρωμένου βασιλιά
Από τότε το τίμιο λείψανο του Αγίου Βασιλέως Ιωάννη του Βατάτζη του ελεήμονος, κατατέθηκε σε Ναό της Μαγνησίας. Μάλιστα όπως σημειώνει ο βιογράφος του, χριστιανοί που προσέφευγαν στον άγιο ανταμείβονταν θαυμαστά. Στο ιερό λείψανο ασθένειες θεραπεύονταν, διώκονταν δαίμονες…
