Η οικονομική κατάσταση του ΟΕΚ είναι ιδιαίτερα δυσχερής, κάτι που φάνηκε από το πάγωμα για τα επόμενα δυο χρόνια των στεγαστικών προγραμμάτων, με τον ΟΕΚ ήδη να έχει σε εκκρεμότητα 120.000 αιτήσεις για επιδότηση ενοικίου και στεγαστικών δανείων για το 2009.
Πέρα από αυτή την οικονομική δυσπραγία του οργανισμού, έρχονται και τα χρέη του προς τους δημόσιους οργανισμούς, όπως το χρέος προς την ΕΥΔΑΠ που ανέρχεται σε 1,7 εκατομμύρια ευρώ. Μάλιστα, η ΕΥΔΑΠ απέστειλε κατασχετήριο στον ΟΕΚ για τα χρέη του από το 2004, τα οποία αφορούν κοινόχρηστους χώρους (συντριβάνια και πισίνες) που υδροδοτεί στο Ολυμπιακό Χωριό.
Πρόσθετος πονοκέφαλος για τον ΟΕΚ είναι και οι οφειλές από το ΙΚΑ οι οποίες προέρχονται από την παρακράτηση υπέρ ΟΕΚ επί του μισθού και ανέρχονται σε δύο δισεκατομμύρια ευρώ.
