Το όνομα του πρώην ειδικού γραμματέα του Υπουργείου Απασχόλησης, εμπλέκεται στην υπόθεση του δομημένου ομολόγου των 280 εκατομμυρίων ευρώ που κατέληξε υπερτιμολογημένο στο Ταμείο Επικουρικής Ασφάλισης Δημοσίων Υπαλλήλων (ΤΕΑΔΥ) και άλλα τρία ασφαλιστικά ταμεία.
Στις καταθέσεις τους ο πρώην προέδρου του ΤΕΑΔΥ Αγ. Σημαιοφορίδη και η πρώην γενικής διευθύντριας του Ταμείου Παναγιώτας Καραδήμα, υποστήριξαν ότι το Σεπτέμβριο του 2006, ο κ. Παπαδόπουλος είχε τηλεφωνήσει στον κ. Σημαιοφορίδη και του συνέστησε να επιστήσει την προσοχή στον κ. Πρινιωτάκη για τις μεγάλες προμήθειες που εισέπραττε η χρηματιστηριακή εταιρεία «Ακρόπολις» στις συναλλαγές της με τα ομόλογα.
Ο Ευγένιος Παπαδόπουλος αρνείται ότι έγινε το τηλεφώνημα αυτό και υποστηρίζει ότι την επίμαχη ημερομηνία ήταν η έναρξη των εκδηλώσεων της 71ης Διεθνούς Έκθεσης Θεσσαλονίκης και ο ίδιος βρισκόταν με αυξημένες υποχρεώσεις στη συμπρωτεύουσα. Για την υπόθεση των ομολόγων, πρόκειται να απολογηθεί μετά τις γιορτές του Πάσχα και ο ιδιοκτήτης της ΝΑΜ (North Asset Management), Γ. Παπαμαρκάκης, ο οποίος ήρθε από το Λονδίνο και πήρε προθεσμία από τον εφέτη ανακριτή.
