Σπουδαιότατη θεωρείται η συνεισφορά του στον κλάδο της χαρτογραφίας, και πιο συγκεκριμένα με τον παγκόσμιό του χάρτη του 1569, στον οποίο απεικονίζονται πορείες ναυσιπλοΐας. Ο Μερκάτορ υπήρξε επίσης ο πρώτος που χρησιμοποίησε τη λέξη «Άτλας» για την περιγραφή συλλογών χαρτών.
Ο Μερκάτορ γεννήθηκε στην πόλη Ρούπελμόντε στην Επαρχία της Φλάνδρας (σημερινό Βέλγιο) ως Gerard de Kremer ή de Cremer. Το όνομα Mercator δεν είναι παρά η εκλατινισμένη εκδοχή του πραγματικού του ονόματος, το οποίο σημαίνει «έμπορος».
Αν και στις μέρες μας ο Μερκάτορ είναι κυρίως γνωστός για τις χαρτογραφικές του πραγματείες, στην εποχή του το εισόδημά του προερχόταν κυρίως από την κατασκευή και πώληση μαθηματικών οργάνων.
Περί το 1535-36 συνεργάστηκε με τον Γκέμα Φρίσιους και τον Γκάσπαρ φαν ντερ Χέιντεν για την κατασκευή μιας υδρόγειου σφαίρας, αν και ο ρόλος του στο εγχείρημα ήταν περισσότερο επικεντρωμένος στην εγχάραξη στοιχείων, παρά στη χαρτογράφηση αυτή καθαυτή. Ο πρώτος δικής του κατασκευής χάρτης υπήρξε ένας της Παλαιστίνης (1537), τον οποίο ακολούθησε ένας παγκόσμιος χάρτης (1538) καθώς και ένας της Επαρχίας της Φλάνδρας (1540).
Ο Μερκάτορ δίδαξε μαθηματικά στο ακαδημαϊκό κολλέγιο της πόλης, ενώ το 1564 -έχοντας πια μια πλειάδα χαρτών στο ενεργητικό του- διορίστηκε αυλικός κοσμογράφος, υπό τον Γουλιέλμο, Δούκα του Γιούλιχ-Κλεβ-Μπεργκ. Το 1569 ο Μερκάτορ επινόησε μια νέα οπτική χαρτογραφικής απεικόνισης, η οποία περιελάμβανε παράλληλες γραμμές για το γεωγραφικό μήκος και πλάτος, στοιχείο που διευκολύνει την απεικόνιση ναυσιπλοϊκών γραμμών ως ευθείες αντί καμπύλες.
Επίσης εισήγαγε τη λέξη «Άτλας» στην επιστήμη της χαρτογραφίας, η οποία πλέον σηματοδότησε τη συλλογή διαφόρων χαρτών. Ο πρώτος τέτοιος άτλας με τίτλο Theatrum Orbis Terrarum ήταν στην πραγματικότητα ένα συμπίλημα του Αβραάμ Ορτέλιους κατόπιν παρότρυνσης του Μερκάτορ, ο οποίος κατασκέυασε έναν δικό σε πέντε τεύχη· το πρώτο εξεδόθη το 1578 και αποτελείτο από διορθωμένες εκδοχές των χαρτών του Πτολεμαίου, αλλά και την εισαγωγή ορισμένων νέων λαθών. Τα επόμενα χρόνια προστέθηκαν και άλλοι χάρτες της Γαλλίας, της Γερμανίας και των Κάτω Χωρών, ενώ αργότερα συμπεριλήφθηκαν τα Βαλκάνια και η Ελλάδα. Μετά τον θάνατο του Μερκάτορ το 1595, ο γιος του -Ρούμολντ- συνέχισε το έργο του πατέρα του με την προσθήκη όλο και περισσότερων γεωγραφικών περιοχών.
Οι υδρόγειες σφαίρες του, – την τέχνη των οποίων έμαθε πλάι στον Φρίσιους- υπήρξαν κατασκευές τελευταίας τεχνολογίας στην εποχή τους. Σήμερα σώζονται 22 τέτοια κομμάτια, συμπεριλαμβανομένων και των ουράνιων θόλων τους.
